Kontaktní čočky jsou skvělým nástrojem pro lidi, kteří hledají alternativu pro nošení klasických brýlí. Mohou s nimi však být spojeny komplikace, kterých by si člověk měl být vědom, aby jim mohl předcházet. Mezi takové komplikace patří například riziko oční infekce. Mikrobiální infekce bývá spojena s nekvalitní péčí o kontaktní čočky nebo s hygienou. Pokud čočky nejsou správně čištěny a desinfikovány, mohou se v nich hromadit bakterie, které mohou být příčinou oční infekce. V případě akutní nebo chronické infekce oka by se kontaktní čočky rozhodně aplikovat neměly. Oční infekci můžeme předcházet správným mytím rukou a důkladnou péčí a desinfekcí a čištěním kontaktních čoček.

Mezi další komplikace patří například syndrom suchého oka, případně oční hypoxie (neokysličení). Na povrchu oka se nachází rohovka, která čerpá kyslík a živiny z okolního vzduchu a ze slzného filmu. Tím, že kontaktní čočka zakrývá povrch rohovky, se vytváří bariéra, která brání v okysličování a při špatném výběru čočky může omezovat i výměnu slzného filmu. Ačkoliv čočky se dnes vyrábějí z materiálů dobře propustných pro kyslík, i tak to může být pro oko zátěž.

Krom těchto problémů mohou kontaktní čočky způsobovat různé druhy mechanického podráždění nebo drobná poranění, ať už na rohovce samotné tak na spojivce.

Aby se uživatel kontaktních čoček těchto problémů vyvaroval, je nutné dodržovat zásady správného používání, čištění a výměny čoček. Při nošení čoček je vhodné se vyvarovat prašným prostředím, vodě, klimatizovaným prostředím a například sklepením nebo archivům, kde hrozí riziko plísně. Důležité je také navštěvovat pravidelně svého optometristu pro monitorování zdraví oka a dodržovat všechna doporučení ohledně aplikace čoček, čištění, desinfekce a frekvence výměny. Pro nejúčinnější desinfekci odborníci doporučují peroxidové roztoky.